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ag真人注册李庆顺课题组在《The Plant Cell》上发表高水平论文解析拟南芥开花因子FY在选择性多聚腺苷化过程中的作用
发布时间: 2019年10月24日 点击数:

        近ag真人注册日,植物科学顶级杂志《The Plant Cell》(JCR一区,近5年影响因子9.848)在线发表了ag真人注册李庆顺教授课题组的最新研究成果“Transcriptome analyses of FY mutants reveal its role in mRNA alternative polyadenylation”。该论文揭示了拟南芥开花因子FY在选择性多聚腺苷化(Alternative PolyAdenylation, APA)过程中的功能,为植物复杂的多聚腺苷化(polyA)信号识别机制提供遗传学证据,完善了植物polyA过程的分子机制,同时为深入理解通过APA调控植物生长发育和植物对环境响应的分子机制奠定基础。

 

ag真人注册        APA是存在于真核生物中一种重要的基因表达调控机制,其关键步骤是mRNA前体的核苷酸序列的识别,直接决定了成熟mRNA转录本的序列。然而,植物中polyA信号识别的机制还知之甚少,原先认为是开花因子的FY在全基因组范围内参与多聚腺苷化过程的分子机制还未见报道。

 

        本项目研究人员使用一系列FY突变体及FY/AtCPSF30ag真人注册双突变体,结合我们自己研发的3’末端高通量测序方法PolyA 标签测序法(PAT-seq),全面探讨了FY不同结构域在poly(A)位点使用中的作用,同时阐明FY与AtCPSF30在polyA信号识别过程中的关系。结果表明,FY的WD40结构域的突变比PPLPP结构域缺失对polyA位点使用有着更强的影响。进一步研究发现FY的WD40结构域的突变与PPLPP结构域的缺失对3’UTR区间polyA位点选择和信号使用有着相反的影响。并且在体内证明了FY和AtCPSF30调控的APA参与非生物胁迫反应过程。此外,FY与AtCPSF30在信号识别中的功能并不是完全重叠,但都参与了A-rich信号的识别。

 

1. FY突变体与其双突变体的polyA位点使用分析。Poly(A) site usage(PAU)代表poly(A)位点使用。Cumulative Distribution Function(CDF)代表累积分布函数。A不同样品中PAU的聚类分析。BC不同样品中PAU的累计分布分析。

 

2. 3’UTR区间NUE信号区的单核苷酸使用以及信号分析。(A-G单核苷酸使用,“oxt6 unique”代表oxt6特异的poly(A)位点,相对于野生型,只有oxt6有此位点。“WT unique”代表WT特异的poly(A)位点。“Common”代表同时存在于野生型和突变体中的poly(A)位点,其他突变体有着相似的表示方式。H)和(I保守的AAUAAA信号和其一个碱基变异的信号使用分析。“WT-oxt6”相对于oxt6,野生型中特异的poly(A)位点,其他突变体有着相似的表示方式。

 

    该研究是由ag真人注册李庆顺教授团队完成,第一作者为2014级博士研究生于志波,博士后林俊城参与研究。

 

    文章链接: DOI: 10.1105/tpc.18.00545;


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